Brevet de prédiction : échec de la contrefaçon

CM………… est titulaire du brevet européen désignant la France intitulé « méthodes, systèmes, et logiciels pour identifier des biomolécules ». C ……, sa licenciée, l’exploite.

CM………… et C…… engagent une action en contrefaçon contre P……… et A………. qui exerce des fonctions de recherche au sein de P……..

Après que le Tribunal de grande instance de Paris rejette leurs demandes, ces deux sociétés en saisissent la Cour de Paris. Mais sans succès, l’arrêt du 15 janvier 2021 confirme le jugement.

Sans entrer ici dans le détail des saisies auxquelles CM………… et C……  ont fait procéder,  et qui ont permis de saisir un outil Pr…….., et de son expertise  informatique, ce qui retient l’attention est la nature de l’invention.

«  Selon la description, l’invention objet du brevet EP …. concerne des procédés pour prédire de façon informatique l’activité d’une biomolécule, lesdits procédés ayant une utilité dans l’optimisation de protéines pour utilisation industrielle et thérapeutique. »

Le problème posé est que la conception de protéines est une tâche difficile en raison de l’explosion combinatoire des molécules possibles, l’espace de séquences de protéines étant immmense et impossible à explorer de façon exhaustive. De nombreux procédés d’approximation ont été utilisés pour concevoir de meilleures protéines mais n’en sont qu’à leur début et de nouvelles méthodes de recherche efficaces de l’espace de séquences pour identifier des protéines fonctionnelles sont souhaitables.

L’invention concerne donc des techniques pour générer et utiliser des modèles qui utilisent des termes non linéaires qui peuvent être des termes de « produit vectoriel’ qui mettent en oeuvre la multiplication de deux variables ou plus, chacune représentant la présence (ou l’absence) des résidus participant à l’interaction. Elle met en oeuvre des techniques qui décrivent le mieux l’activité de la séquence. Pour éviter un surapprentissage, seul un nombre limité de termes non linéaires sont typiquement utilisés, et ceux qui sont utilisés doivent refléter des interactions qui affectent l’activité »

Parmi les revendications en cause, la première précise qu’il s’agit d’un procédé informatique permettant un apprentissage à partir d’une base de données.

1 . Procédé informatique pour identifier des résidus d’acide aminé pour variation dans une banque de variants de protéine afin d’affecter une activité souhaitée, ledit procédé comprenant :

(a) la réception de données caractérisant un ensemble d’apprentissage d’une banque de variants de protéine, les données fournissant des informations d’activité et de séquence pour chaque variant de protéine dans l’ensemble d’apprentissage,

(b) à partir des données, le redéveloppement d’un modèle séquence-activité qui prédit l’activité en fonction du type de résidu d’acide aminé et de sa position correspondante dans une séquence de protéine, le modèle séquence-activité comprenant un ou plusieurs termes non linéaires, chacun représentant une interaction entre deux résidus d’acide aminé ou plus dans la séquence de protéine, et le modèle séquence-activité pouvant distinguer les résidus d’acide aminé qui ont un impact significatif sur l’activité souhaitée de ceux qui n’en ont pas ; et

(c) l’utilisation du modèle séquence-activité pour identifier un ou plusieurs résidus d’acide aminé à des positions spécifiques qui sont prédites comme ayant un impact sur l’activité souhaitée pour variation pour obtenir un impact sur l’activité souhaitée,

(d) au moins un des termes non linéaires étant un terme de produit vectoriel comprenant un produit d’une variable représentant la présence d’un résidu ayant une interaction et d’une autre variable représentant la présence d’un autre résidu ayant une interaction, et

(e) le développement dudit modèle séquence-activité comprenant la sélection d’un ou plusieurs termes de produit vectoriel dans un groupe de termes de produit vectoriel potentiels, les termes de produit vectoriel étant les termes de produit vectoriel représentant des interactions structurales réelles qui ont un impact significatif sur l’activité.

La nature de cette invention se retrouve à la définition de l’homme du métier et du problème qui lui est  posé.

Les parties s’accordent pour définir l’homme du métier comme un spécialiste de la bio-informatique.

Le problème posé à cet homme du métier est la modélisation mathématique d’un ensemble d’apprentissage de variables de protéines.

La contrefaçon est écartée

Pour les appelants  «  le rapport de [ l’expert informatique ] établit que l’outil Pr…..  ayant fait l’objet de l’expertise est bien un programme informatique, que ce programme permet de générer un modèle mathématique dont le but est de prédire l’activité de nouveaux variants, que ce modèle mathématique comprend des termes non-linéaires (à savoir des termes quadratiques destinés à prendre en compte les phénomènes de non linéarité) et met en oeuvre un modèle de régression, qu’il permet en outre d’estimer l’importance relative des différents résidus aux différentes positions variables dans un jeu de données.

Elles déduisent de ce rapport d’expertise que la contrefaçon littérale et à tout le moins par équivalence du brevet EP….. est caractérisée »

Pour A…… l’outil Pr……. ne reproduit pas les caractéristiques d) et e), pourtant essentielles, de la revendication 1 du brevet.

Les débats portent sur la mise en œuvre ou non par l’outil Pr ……. d’une fonction mathématique «  produit vectoriel  »

l’homme du métier, à la lecture du brevet et particulièrement des paragraphes [0004], [0083] et [0101] de la description, comprend que le terme « produit vectoriel » employé dans la traduction française du Brevet EP…… est destiné à désigner les termes non linéaires exprimant l’interaction de deux résidus dans le polypeptide

Comme l’expert informatique désigné par le Tribunal ne s’est pas prononcé sur le contenu du brevet, les appelants ont fourni une attestation d’un autre expert. La  Cour tout en citant les constatations  matérielles de cet expert amiable ne le suit pas dans sa conclusion.

‘L’équation de « l’Etape 6 » nomme les variables d’une manière légèrement plus complexe, car elle permet la présence de plus de deux options de résidus à chaque position, par exemple x 1a code la présence d’un acide aminé a à la 1ère position, comme l’équation 2 du brevet qui démontre également un schéma de codage « 0 ou 1 ». En revanche, l’exemple de l’équation 4 [du brevet] suppose qu’il n’y a que deux options de résidus d’acides aminés à chaque position, par exemple x 1 code le résidu à la première position’. Il doit donc être constaté que l’équation de l’étape 6 du rapport d’expertise judiciaire et celle du paragraphe [0101] de la description du brevet ne sont pas identiques comme l’affirme [ l’expert amiable ] ni équivalentes mathématiquement

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